原子锁是内压式边柱锁，其锁定原理是边柱制栓在边柱弹簧的作用下将边柱制栓向锁芯内弹珠的方向推，但由于弹珠缺口在没有插入原装钥匙前不在一条直线上，边柱制栓无法被弹簧的弹力推入缺口，这时锁芯与外壳由边柱制栓连为一体，从而锁芯无法转动。

原子锁的弹珠每孔一粒，它四周有一个V字形的缺口，每一粒弹珠的V字形缺口所在的位置不同，就形成了钥匙的齿形变化不同，只有当这些V字形的缺口在一条直线上时，边柱被推入锁芯，锁芯才可转动。因其边柱制栓钢片比较厚，发生弹性形变的可能性很小，所以用暴力强开工具强行扭动的可能性要小些。

原子锁技术开启以前常用波浪钩、原野弯刀和套开钥匙，现在一般用原子定位开锁工具。其他如没有反锁时从猫眼开，若猫眼开不了，用拔锁器把锁头拔出来，或用电钻把锁钻坏。